肘关节囊肿若通过影像学检查、临床查体、患者病史、症状等，诊断比较明确，对性质也有一定认识，这时就要进行治疗，具体治疗方法如下：
1、若囊肿较小、患者没有明显症状，通常可采取保守治疗，随访观察即可；
2、若囊肿随随访时间延长逐渐增大，甚至出现局部疼痛、神经压迫等症状，需及时进行手术治疗。目前手术主要包括微创、开放手术方法，目的是把囊肿完整切除。通常囊肿切除后都不会复发，但有少部分情况若没有完全对囊肿根部进行缝合处理，可能会出现囊肿复发，复发后可能还需再次手术。
通常通过上述治疗，肘关节囊肿都会形成很好预后。