吸奶器使用以后需要及时清洗和消毒，可以用流动水清洗并且擦拭，消毒也比较重要，否则有可能因为吸奶器造成交叉性污染，使新生儿发生腹泻，甚至感染等，可以将吸奶器放在笼屉中通过蒸熏进行消毒，也可以用专门的吸奶器消毒蒸锅进行消毒，或通过微波炉进行消毒。
一般不建议使用化学的方式进行消毒，由于以上几种方式既不会伤害吸奶器本身材质，也不会有化学物品或有害物质的残留，因此需要采取物理的方式进行消毒。如果是湿性加热消毒法，吸奶器使用之后，需要及时将吸奶器上的水分擦干，充分晾干之后再进行收纳，否则残留的水汽有可能滋生细菌。