先天性心脏病手术禁忌症与其它手术禁忌症相似，具体如下：
1、病人有严重的出血状态，未得到纠正的情况下不能手术。如果患者凝血功能不良，手术过程中可能发生大出血，术中大出血可能是一个致命性因素，所以若患者有严重的出血性疾病，术前必须纠正，待凝血功能达到正常或者接近正常范围后才能实施手术；
2、肝功能衰竭的患儿不可进行先天性心脏病手术，肝功能衰竭实际上可影响凝血功能，引起出血的风险；
3、其它禁忌症，比如严重感染、脓毒血症，患者不可在感染尚未纠正、控制的情况下实施手术。
其它禁忌症相对而言如果观察好、评估好、把握好，一般都可以在合适的时间选择正确治疗。