肝囊肿穿刺手术操作比较简单，多半在B超引导下进行。通过B超定位，穿刺针沿着穿刺路径，扎到囊肿核心部位，把囊液吸出。
这种手术操作一般在大部分三甲医院门诊就可以操作。是否需要住院要根据患者的身体条件来定。这种手术操作复发率高，多针对一些老年人，无法耐受全身麻醉的手术病人来采取的一种治疗方式。
如果患者生理条件非常弱，即使是局麻做手术，也会需要去住院评估心肺耐受条件。比如患者有可能潜在凝血异常，如潜在冠心病、高血压这种相关的合并症，可能因为他内科相关性疾病而需要进行住院评估，从而实施手术。
90%以上的肝囊肿穿刺引流的患者在B超室穿刺引导下就可以实施，并不需要住院治疗。