氟哌酸可以用于治疗细菌性胃肠炎，当患者的腹泻是由于细菌感染所引起时，应用氟哌酸有一定的效果。引起腹泻、急性胃肠炎的常见细菌包括大肠埃希菌、沙门氏菌等，感染上述细菌后，患者会出现腹泻、恶心、呕吐，甚至有发热的情况，并且大便中有白细胞，血常规中提示白细胞升高，此时可以应用氟哌酸进行治疗。
如果患者腹泻是由于病毒感染所引起，如诺如病毒、轮状病毒、柯萨奇病毒等，对于上述病毒感染所引起的腹泻，应用氟哌酸效果不佳，此时可以应用蒙托石散进行止泻治疗。同时建议腹泻次数较多的患者少量、多次补充水电解质，可服用口服补液盐防止脱水。