载药微球治疗的局限性与单纯肝动脉化疗栓塞的局限性大致相同，其缺点如下：
1、如果采用单一的肝动脉栓塞治疗可能导致肿瘤栓塞不彻底或者坏死不完全，即肿瘤细胞灭活不够；
2、介入栓塞后肿瘤微环境缺氧状态刺激残存的肿瘤细胞，分泌血管内皮生长因子促进血管生成因子释放，诱导肿瘤边缘血管再生，从而导致肿瘤的复发甚至转移；
3、栓塞后易受到肝功能影响；
4、如果为少血供的肿瘤，则治疗效果可能不佳，因此肝癌必须联合手术或者非手术的其它治疗手段，取得更好的效果。包括外科手术切除、微波消融、酒精消融等局部的物理方式，实现增加疗效的目的。