巧克力囊肿复发后，根据患者具体情况选择不同方法，如根治性手术治疗、长效GnRH-a治疗等，具体如下：
1、年龄较大无生育要求，但是症状较重患者，如痛经、难治性卵巢肿瘤、巧克力囊肿、盆腔黏连，可考虑根治性手术，即剥除双侧卵巢和子宫；
2、卵巢子宫内膜囊肿、巧克力囊肿复发的患者，若无生育要求，也可进行手术切除；
3、有生育要求患者，在手术切除后可给予长效GnRH-a治疗，即促性腺激素释放激素激动剂，之后选用避孕药进行长期治疗；
4、有生育要求并且不孕患者，手术切除后可进行生育能力的评估，检测早期卵巢储备功能，进行试管受孕，可提高生育能力。