消化内镜分为胃镜、肠镜和十二指肠镜、小肠镜等，常用检查是胃镜和肠镜。胃镜是让患者采取左侧卧位，经口进镜，观察食管、胃和十二指肠的一部分。肠镜是让患者采取左侧卧位，经肛门进镜，依次通过直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠达到回盲部；肠镜到达回盲部后，在退镜的过程中逐一观察回盲部、升结肠、横结肠，然后观察降结肠、乙状结肠和直肠，到直肠部位时可翻转内镜，倒着观察肛门，即可观察整个结肠。
根据疾病的情况，可能进行小肠镜检查，小肠镜检查分为两部分，一部分如同胃镜检查经口进镜，另一部分如同结肠镜检查经肛门进镜，分别观察小肠两端，最后在小肠对接，观察整个小肠。