1、高血压导致的室间隔增厚，需要将高血压控制达标，血压控制在小于130/80mmHg，可以防止室间隔进一步的增厚。在选择降压药物方面，尽量选择血管紧张素转化酶抑制剂，比如依那普利、贝那普利、培哚普利等，或者是选择血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂，比如缬沙坦、替米沙坦、厄贝沙坦等，可以抑制心室重构，逆转室间隔增厚，但是逆转的作用和幅度不大。
2、如果是肥厚型心肌病导致的室间隔增厚，早期也可以使用血管紧张素转化酶抑制剂，或者是血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂治疗，如果室间隔增厚特别明显，已经导致了左室流出道的梗阻，需要手术治疗，可以使用微创的方法，比如使用无水酒精将增厚的室间隔消融切除。