在临床使用中要注意一个月以下儿童用药的安全性和有效性还不明确，因此不适合使用本药的口服和注射，由于这个药物具有神经肌肉阻滞作用，儿童要禁用滴耳液和滴眼液。
老年人如果伴有严重的基础疾病，在使用林可霉素之后容易发生腹泻或假膜性肠炎，用药的时候需要密切观察。由于林可霉素可以增强吸入性麻醉药的神经肌肉的阻滞作用，在手术中合用应该谨慎。
林可霉素和阿片类镇痛药合用会导致呼吸抑制延长或者呼吸麻痹的风险。
在使用林可霉素的疗程中可能出现水样腹泻的假膜性肠炎，如果合用蒙脱石散剂，可能会造成肠道内毒素延迟排出，导致腹泻病程延长或者病程加剧。
林可霉素和红霉素具有拮抗作用，因此不适宜合用抗感染。此外，由于食物可以减少林可霉素的吸收，林可霉素的胶囊口服制剂应该空腹服用。