第一、尿液反流，膀胱输尿管反流是引起肾盂肾炎的重要因素，尤其在婴儿期。在正常情况下膀胱和输尿管结合处能起到活瓣作用，尿液可以顺利地从输尿管进入膀胱，而阻止膀胱尿液尤其在排空时逆流入输尿管或肾脏。如果当此结合处的功能缺陷时则容易导致逆行性感染。在先天性泌尿道构造异常，比如完全性双侧输尿管、输尿管开口异常、输尿管囊肿、膀胱炎、神经源性膀胱等疾患时均容易出现膀胱输尿管逆流，导致逆行尿路感染。
第二、性行为传播，女性的尿道口离阴道和肛门较近，因此在进行性生活时容易把阴道和肛门周围的细菌带入尿道甚至膀胱里面，造成感染。
第三、医源性操作，男性尿道远端两厘米处有细菌寄居的为98%，五厘米处为49%，女性可能更高。因此导尿、膀胱镜、逆行输尿管插管等检查操作时常常容易把细菌带入膀胱，有可能引起逆行性细菌感染。