一、头孢羟氨苄属于口服的第一代头孢类抗生素，在临床中应用比较早，而头孢克肟属于第三代的头孢类抗生素，发现的时间比较晚。
二、头孢羟氨苄对革兰氏阳性菌的作用很强，但是对革兰氏阴性菌作用弱，主要针对一些革兰氏阳性菌引起的轻、中度感染，如上呼吸道感染、耳鼻喉感染、皮肤软组织感染等。头孢克肟对革兰氏阴性菌的作用十分强大，对革兰氏阳性菌也有一定的作用，但效果不如头孢羟氨苄，所以更适用于一些革兰氏阴性杆菌的感染，如胆道感染、泌尿道感染以及上下呼吸道感染等。
三、头孢羟氨苄有一定的肾毒性，而头孢克肟几乎是没有肾毒性的，副作用很小。