益生菌一天中最佳的服用时间是在早上空腹时，或者是随餐一起服用，服用时水温不宜过高。
益生菌是一类对人体有益的活性微生物，有利于缓解因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等症状。早上空腹时服用有利于益生菌顺利的到达肠道定植的部位，建立正常的菌群，有助于恢复正常的消化功能。但应注意的是如果水温过高，活菌制剂容易受影响，则起不到相应效果，所以冲服时一定要注意水温。若是服用益生菌的同时还使用抗生素类的药物，应注意间隔2个小时左右。
益生菌对人体有益，但不是越多越好，也不宜过度摄入和补充益生菌，科学合理的使用，才能真正有益于人体微生态平衡。