甲状腺囊肿一般不会自愈，早期可能无明显症状，但也建议及时就诊检查，明确性质，以免后续不良情况的发生。
甲状腺囊肿一般分为生理性和病理性两种。如果囊肿的直径小于5厘米，经检查又没有证据提示有肿瘤病变，考虑为生理性的囊肿，密切随访即可，2-3个月检查一次，可能再次检查时发现囊肿缩小或者未发现其增大；如果囊肿持续性的增大，直径已经超过5厘米，或者患者年龄较大，考虑为病理性甲状腺囊肿，应及时进一步检查，明确病变原因，排除恶变可能。
此外，临床发现甲状腺囊肿时无需紧张，定期复查，注意饮食清淡，戒除烟、酒、咖啡等刺激性食物，增强机体免疫力。