乙肝注射干扰素后一般可以出现流感样症状，表现为发热、寒战、头痛、肌肉酸痛和周身乏力等症状，同时可以出现一过性外周血小板减少、白细胞下降，如果白细胞和血小板明显下降需要停药。另外还可以出现精神异常，表现为抑郁、妄想、重度焦虑等精神疾病的症状，症状严重时也需要及时停用干扰素。
注射干扰素后还会出现自身免疫性疾病，可以出现一些自身抗体，出现甲状腺功能的减退或者亢进、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等疾病。另外比较少见的副作用还包括肾脏的损伤、心血管的并发症、视网膜的并发症、听力下降、间质性肺炎等。注射干扰素前需要严格掌握适应症和禁忌症，如果有一定的禁忌症，是不能注射干扰素的。
注射干扰素后还会出现自身免疫性疾病，可以出现一些自身抗体，出现甲状腺功能的减退或者亢进、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等疾病。另外比较少见的副作用还包括肾脏的损伤、心血管的并发症、视网膜的并发症、听力下降、间质性肺炎等。注射干扰素前需要严格掌握适应症和禁忌症，如果有一定的禁忌症，是不能注射干扰素的。