婴儿心脏发育不全主要是由遗传和环境因素，及其相互作用所致，比如染色体异常、单基因突变、多基因与环境因素共同作用所致。常见的是染色体异常导致各种类型心脏病，占10%，如21-三体综合征病人40%合并有心血管畸形，以房间隔缺损为多见。染色体13、15和18三体综合征，大多合并室间隔缺损、房间隔缺损和动脉导管未闭等畸形，第22对染色体异常发现和法洛四联症畸形有直接的关系。
单基因突变与先心病发生有着密切的关系，比如主动脉瓣上狭窄可能于ELastin基因突变有关，马凡氏综合征可和Fibrillin-1基因有关。还有大多数人认为，先心病与多基因和环境因素共同作用有关，比如早期宫内感染，还有如麻疹、流行性感冒、腮腺炎和柯萨奇病毒感染等。孕母有大剂量放射线接触和服药病物史，或者孕母代谢紊乱性疾病，比如糖尿病，引起子宫内缺氧的慢性疾病，以及妊娠早期酗酒、吸毒等，多和先心病的发生有关。
单基因突变与先心病发生有着密切的关系，比如主动脉瓣上狭窄可能于ELastin基因突变有关，马凡氏综合征可和Fibrillin-1基因有关。还有大多数人认为，先心病与多基因和环境因素共同作用有关，比如早期宫内感染，还有如麻疹、流行性感冒、腮腺炎和柯萨奇病毒感染等。孕母有大剂量放射线接触和服药病物史，或者孕母代谢紊乱性疾病，比如糖尿病，引起子宫内缺氧的慢性疾病，以及妊娠早期酗酒、吸毒等，多和先心病的发生有关。