病原体是指能引起疾病的微生物和寄生虫的统称，微生物占绝大多数，包括细菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体和真菌。寄生虫主要有原虫和蠕虫，病原体属于寄生性生物，所寄生的自然宿主为动植物和人，能感染人的微生物超过四百种，有些在人体免疫功能正常的条件下并不引起疾病，有些甚至对人体有益，如肠道菌群可以合成多种维生素，这些菌群的存在还可抑制某些致病性较强的细菌繁殖，因而这些微生物被称为正常菌群。
但当机体免疫力降低，人与微生物之间的平衡关系被破坏时，正常菌群也可引起疾病，又称它们为条件致病病原体。机体遭病原体侵袭后是否发病，一方面固然与其免疫力有关，另一方面也取决于病原体致病性的强弱和侵入数量的多少。一般来说数量越大，发病的可能性越大，尤其是致病力较弱的病原体，需较大的数量才有可能致病。少数致病微生物致病力相当强，轻量感染即可致病，如鼠疫、天花、狂犬病等。
但当机体免疫力降低，人与微生物之间的平衡关系被破坏时，正常菌群也可引起疾病，又称它们为条件致病病原体。机体遭病原体侵袭后是否发病，一方面固然与其免疫力有关，另一方面也取决于病原体致病性的强弱和侵入数量的多少。一般来说数量越大，发病的可能性越大，尤其是致病力较弱的病原体，需较大的数量才有可能致病。少数致病微生物致病力相当强，轻量感染即可致病，如鼠疫、天花、狂犬病等。