治疗疟疾的首选药，根据疟疾敏感性以及临床类型不同，首选药有所区别，具体如下：
第一、对于氯喹敏感的疟疾首选氯喹，观察48小时，如果48小时之内体温明显下降，说明对氯喹敏感，继续应用。如果48小时之内体温没有下降，说明对氯喹耐药，需要换用其他治疗疟疾的药物。
第二、治疗耐氯喹的疟疾首选青蒿素及其衍生物，或者选择奎宁。青蒿素衍生物有双氢青蒿素、青蒿琥酯和蒿甲醚。WHO推荐以青蒿素为基础的联合疗法治疗耐药疟疾，有蒿甲醚联合本芴醇、青蒿琥酯联合甲氟喹或者双氢青蒿素联合哌喹。
第三、对于脑型疟疾，首选静脉青蒿琥酯或者静脉奎宁，如果没有静脉也可以选择青蒿素栓剂或者双氢青蒿素栓剂。
第四、还要注意对于间日疟和卵形疟，因为肝脏还存在迟发型子孢子以及末梢血当中还存在配子体，还需要联合应用伯氨喹啉。伯氨喹啉因为容易引起急性溶血性贫血，所以在之前还要注意检查葡萄糖-6-磷酸脱氢酶是否缺陷，如果有缺陷患者很容易引起血管内溶血，所以最好提前监测血液当中的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶活性，如果活性正常，可以选择应用伯氨喹啉。
第一、对于氯喹敏感的疟疾首选氯喹，观察48小时，如果48小时之内体温明显下降，说明对氯喹敏感，继续应用。如果48小时之内体温没有下降，说明对氯喹耐药，需要换用其他治疗疟疾的药物。
第二、治疗耐氯喹的疟疾首选青蒿素及其衍生物，或者选择奎宁。青蒿素衍生物有双氢青蒿素、青蒿琥酯和蒿甲醚。WHO推荐以青蒿素为基础的联合疗法治疗耐药疟疾，有蒿甲醚联合本芴醇、青蒿琥酯联合甲氟喹或者双氢青蒿素联合哌喹。
第三、对于脑型疟疾，首选静脉青蒿琥酯或者静脉奎宁，如果没有静脉也可以选择青蒿素栓剂或者双氢青蒿素栓剂。
第四、还要注意对于间日疟和卵形疟，因为肝脏还存在迟发型子孢子以及末梢血当中还存在配子体，还需要联合应用伯氨喹啉。伯氨喹啉因为容易引起急性溶血性贫血，所以在之前还要注意检查葡萄糖-6-磷酸脱氢酶是否缺陷，如果有缺陷患者很容易引起血管内溶血，所以最好提前监测血液当中的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶活性，如果活性正常，可以选择应用伯氨喹啉。