肛门的尖锐湿疣治疗，需要看疣体数量、大小以及分布位置。如果湿疣主要是长在肛门以外，肛内没有的话，疣体数量也不是很多、个体也比较小，可以考虑试用一下外用药方法，比如像斑蝥素乳膏、鬼臼毒素、派特灵。如果疣体数量较多或体积偏大的话，就得考虑作物理治疗，比如像冷冻、微波、电离子、激光、电烧等，甚至是通过手术的方法把这些疣体去掉。疣体去掉了以后，下一步伤口修复好了，还需要局部使用抑制病毒的方法，比如涂干扰素，用咪喹莫特或湿敷派特灵、做光动力治疗来减少复发。
对于肛内的湿疣治疗起来相对要麻烦一些，如果肛内的湿疣数量不是很多的情况下，可以考虑先用冷冻、激光、微波这些方法去掉，然后肛内做光动力来减少复发。如果肛内疣长得比较大，需要做手术治疗，把肛内疣体先手术切除，切除以后后续用抑制病毒的治疗，对于身体免疫力低下的，比如糖尿病，有肝病、肾病、体质很差或湿疣复发非常频繁的，建议加上提高免疫力的治疗。常用的是肌肉局部、 皮下或肌肉注射干扰素，或者输液胸腺肽、口服胸腺肽、匹多莫德等提高抗病毒免疫力的方法，来综合治疗。
对于肛内的湿疣治疗起来相对要麻烦一些，如果肛内的湿疣数量不是很多的情况下，可以考虑先用冷冻、激光、微波这些方法去掉，然后肛内做光动力来减少复发。如果肛内疣长得比较大，需要做手术治疗，把肛内疣体先手术切除，切除以后后续用抑制病毒的治疗，对于身体免疫力低下的，比如糖尿病，有肝病、肾病、体质很差或湿疣复发非常频繁的，建议加上提高免疫力的治疗。常用的是肌肉局部、 皮下或肌肉注射干扰素，或者输液胸腺肽、口服胸腺肽、匹多莫德等提高抗病毒免疫力的方法，来综合治疗。