巧克力囊肿是卵巢异位囊肿的一种，超声检查是诊断卵巢异位囊肿和膀胱直肠异位症的重要方法，可确定异位囊肿位置、大小和形状，其诊断敏感性和特异性均在96%以上。囊肿呈圆形或椭圆形，与周围特别是子宫粘连，囊壁厚而粗糙，囊内有细小的絮状光点，因囊肿回声图像无特异性，不能单纯依靠超声图像来确诊。盆腔CT、核磁共振对盆腔内异症有诊断价值，但费用比较贵，不作为初选的诊断方法。
对于卵巢巧克力囊肿的患者，腹腔镜检查是目前国际公认的内异症诊断的最佳方法，除了阴道或其他部位可直视的病变外，腹腔镜检查是诊断盆腔内异症的标准方法，对在腹腔镜下见到，大体病理所述的典型病灶或可疑病变，进行活组织检查即可确诊。下列情况应首选腹腔镜检查，因为内异症的不孕症患者，妇科检查及超声检查无阳性，发现的慢性腹痛及痛经进行性加重患者，有症状特别是血清CA12-5水平升高的患者，只有在腹腔镜检查或剖腹探查直视下，才能确定 内异症临床分期。
对于卵巢巧克力囊肿的患者，腹腔镜检查是目前国际公认的内异症诊断的最佳方法，除了阴道或其他部位可直视的病变外，腹腔镜检查是诊断盆腔内异症的标准方法，对在腹腔镜下见到，大体病理所述的典型病灶或可疑病变，进行活组织检查即可确诊。下列情况应首选腹腔镜检查，因为内异症的不孕症患者，妇科检查及超声检查无阳性，发现的慢性腹痛及痛经进行性加重患者，有症状特别是血清CA12-5水平升高的患者，只有在腹腔镜检查或剖腹探查直视下，才能确定 内异症临床分期。