牙根进入上颌窦有可能引起上颌窦炎症，不会有太大危险。上颌磨牙区的上颌有上颌窦，如果上颌窦底位置低，或根尖病变破坏了窦底骨质，继发生断根移入上颌窦，进入上颌窦的牙根，可以按前述方法取出。
有牙根进入无炎症的上颌窦未取出，也未发生不良反应的报道，口腔上颌窦交通多发生于上颌磨牙，牙根移入上颌窦，窦底穿孔，也可因磨牙根尖病变导致窦底骨质缺如，搔刮病变时穿破窦底，这种穿孔较小，口腔上颌窦交通可引起上颌窦感染，或以后形成口腔上颌窦瘘。已发生交通时处理方法决定于交通口的大小，如小的穿孔直径2mm左右，可按拔牙后常规处理，中等大小穿孔2-6mm，也可按上述方法处理，可将两侧牙龈拉拢缝合，进一步固定保护血凝块，有利于自然愈合，交通口大于7mm，需用邻近组织瓣关闭创口。
有牙根进入无炎症的上颌窦未取出，也未发生不良反应的报道，口腔上颌窦交通多发生于上颌磨牙，牙根移入上颌窦，窦底穿孔，也可因磨牙根尖病变导致窦底骨质缺如，搔刮病变时穿破窦底，这种穿孔较小，口腔上颌窦交通可引起上颌窦感染，或以后形成口腔上颌窦瘘。已发生交通时处理方法决定于交通口的大小，如小的穿孔直径2mm左右，可按拔牙后常规处理，中等大小穿孔2-6mm，也可按上述方法处理，可将两侧牙龈拉拢缝合，进一步固定保护血凝块，有利于自然愈合，交通口大于7mm，需用邻近组织瓣关闭创口。