新生儿晚期代谢性酸中毒的产生主要是内源性酸产生与肾脏泌酸之间的不平衡，即酸产生的正平衡有关，这种不平衡性可源于内源性蛋白质合成酸异常升高、肾泌酸异常减低，或两者兼而有之。本病好发于早产儿、足月小样儿、极低出生体重早产儿。
1、饮食中的蛋白质的质和量：配方乳中总蛋白质的含量升高时硫酸的含量也增高，当摄入高蛋白质时，摄入净酸的可能性增大。钙含量高的配方乳，使得更多的氢离子释放体液，同时饮食中合成碱增高时，肠道吸收净酸相应增多，都影响该平衡。牛奶蛋白含的蛋白碱较含蛋白质量小的配方乳高，从而更易引起酸中毒。酪蛋白中的苯丙氨酸及甲硫氨酸含量较高，新生儿尤其早产儿肠道中缺乏转换这两种氨基酸的酶，如与酪蛋白为主的牛乳或配方乳喂养，可使这两种酸在血中浓度增高。
2、肾脏排酸能力不足：新生儿尤其早产儿肾发育不完善，但在晚期代谢性酸中毒形成中起重要作用，早产儿在生后1~3周内肾处理酸负荷能力较差。这种肾脏调节酸碱平衡的能力至生后4~6周逐渐增强，故早产儿晚期代谢性酸中毒的发生率明显高于足月儿，极低出生体重儿发生率更高。
1、饮食中的蛋白质的质和量：配方乳中总蛋白质的含量升高时硫酸的含量也增高，当摄入高蛋白质时，摄入净酸的可能性增大。钙含量高的配方乳，使得更多的氢离子释放体液，同时饮食中合成碱增高时，肠道吸收净酸相应增多，都影响该平衡。牛奶蛋白含的蛋白碱较含蛋白质量小的配方乳高，从而更易引起酸中毒。酪蛋白中的苯丙氨酸及甲硫氨酸含量较高，新生儿尤其早产儿肠道中缺乏转换这两种氨基酸的酶，如与酪蛋白为主的牛乳或配方乳喂养，可使这两种酸在血中浓度增高。
2、肾脏排酸能力不足：新生儿尤其早产儿肾发育不完善，但在晚期代谢性酸中毒形成中起重要作用，早产儿在生后1~3周内肾处理酸负荷能力较差。这种肾脏调节酸碱平衡的能力至生后4~6周逐渐增强，故早产儿晚期代谢性酸中毒的发生率明显高于足月儿，极低出生体重儿发生率更高。