1、B超：可以较好地确定囊肿大小及其部位。其诊断率较高，而且可以鉴别肝脓肿及肝脏肿瘤。B超可作为首选的检查方法，B超如果发现可疑胆管囊肿内有囊壁增厚或结节样改变时，应警惕癌变。
2、多排螺旋CT检查：显示病变胆管大小、形态和范围、与周围结构的关系、是否存在并发症等。
3、腹部X线检查：囊肿大时腹部X线平片即可发现与囊肿一致的阴影以及充气胃肠受压移位的影像。上消化道钡餐造影或者钡灌肠能够更确切的反映增大囊肿压迫周围脏器的情况。上消化道钡餐造影时，可见十二指肠C型肠袢影增大，并且向前下方移位。若囊肿位于十二指肠内相当于壶腹部时，可见十二指肠变形或者充盈缺损影。钡灌肠时可见结肠肝区向前下方移位。
4、磁共振(MRI)和磁共振胆道水成像(MRCP)：可以清晰显示肝内外胆管、胆囊、胰管以及胆胰管汇合部，无诱发急性胆管炎和急性胰腺炎的后顾之忧，尤其是对于不适合行ERCP(内镜逆行胰胆管造影术)的患者其诊断价值是显而易见的，如重度黄疸、合并胰腺炎发作者、既往曾行胆肠吻合的患者等。
5、肾盂造影：可以发现由于肿大的囊肿压迫输尿管而导致肾盂扩大、变形，而且有利于鉴别肾脏的肿瘤、畸形以及腹膜后肿瘤。
6、选择性腹腔动脉造影：可发现无血管肿块影。
7、经内镜逆行胰胆管造影(ERCP)、经皮经肝胆管造影(PTC)：不仅可以显示囊肿部位和类型，而且可以了解整个胆管系统的情况。对于有无结石、肿瘤，以及对于胰胆管合流异常的检查时ERCP尤为有益。当严重黄疸胆管炎或者ERCP失败的情况下，可以实行PTC检查。若在超声引导下行PTC则更加安全可靠。
8、131碘玫瑰红扫描：可用于小儿胆管疾病的检查，帮助诊断。
9、经静脉胆管造影：由于小儿胆囊浓缩能力差，另外胆囊扩张部位的大量胆汁使之显影不充分。故对于小儿若是使用5%葡萄糖50ml加入胆影葡胺1g静脉点滴，胆管造影效果较佳。
10、99mTc-HTDA闪烁显相：可显示胆管的解剖结构和功能状态，帮助鉴别诊断疾病。
11、胆管术中造影：直接了解胰胆管系统有无变异、结石和狭窄，有助于更加安全、准确地切除病变胆管和清除胆道结石。
12、实验室检查：判断患者全身炎症反应程度，如白细胞计数、C反应蛋白和降钙素原水平；若血清淀粉酶异常升高，提示可能有胰腺炎；胆红素升高考虑为梗阻性黄疸；肿瘤标志物CA199和癌胚抗原(CEA)升高，提示可能发生胆管扩张癌变。
2、多排螺旋CT检查：显示病变胆管大小、形态和范围、与周围结构的关系、是否存在并发症等。
3、腹部X线检查：囊肿大时腹部X线平片即可发现与囊肿一致的阴影以及充气胃肠受压移位的影像。上消化道钡餐造影或者钡灌肠能够更确切的反映增大囊肿压迫周围脏器的情况。上消化道钡餐造影时，可见十二指肠C型肠袢影增大，并且向前下方移位。若囊肿位于十二指肠内相当于壶腹部时，可见十二指肠变形或者充盈缺损影。钡灌肠时可见结肠肝区向前下方移位。
4、磁共振(MRI)和磁共振胆道水成像(MRCP)：可以清晰显示肝内外胆管、胆囊、胰管以及胆胰管汇合部，无诱发急性胆管炎和急性胰腺炎的后顾之忧，尤其是对于不适合行ERCP(内镜逆行胰胆管造影术)的患者其诊断价值是显而易见的，如重度黄疸、合并胰腺炎发作者、既往曾行胆肠吻合的患者等。
5、肾盂造影：可以发现由于肿大的囊肿压迫输尿管而导致肾盂扩大、变形，而且有利于鉴别肾脏的肿瘤、畸形以及腹膜后肿瘤。
6、选择性腹腔动脉造影：可发现无血管肿块影。
7、经内镜逆行胰胆管造影(ERCP)、经皮经肝胆管造影(PTC)：不仅可以显示囊肿部位和类型，而且可以了解整个胆管系统的情况。对于有无结石、肿瘤，以及对于胰胆管合流异常的检查时ERCP尤为有益。当严重黄疸胆管炎或者ERCP失败的情况下，可以实行PTC检查。若在超声引导下行PTC则更加安全可靠。
8、131碘玫瑰红扫描：可用于小儿胆管疾病的检查，帮助诊断。
9、经静脉胆管造影：由于小儿胆囊浓缩能力差，另外胆囊扩张部位的大量胆汁使之显影不充分。故对于小儿若是使用5%葡萄糖50ml加入胆影葡胺1g静脉点滴，胆管造影效果较佳。
10、99mTc-HTDA闪烁显相：可显示胆管的解剖结构和功能状态，帮助鉴别诊断疾病。
11、胆管术中造影：直接了解胰胆管系统有无变异、结石和狭窄，有助于更加安全、准确地切除病变胆管和清除胆道结石。
12、实验室检查：判断患者全身炎症反应程度，如白细胞计数、C反应蛋白和降钙素原水平；若血清淀粉酶异常升高，提示可能有胰腺炎；胆红素升高考虑为梗阻性黄疸；肿瘤标志物CA199和癌胚抗原(CEA)升高，提示可能发生胆管扩张癌变。