肾盂肾炎的治疗可以分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎的治疗，急性肾盂肾炎的治疗目的需要杀灭病原体，预防脓毒症的发生，并且防止复发。因为肾盂肾炎最常见的致病菌是肠道杆菌，大肠杆菌最常见，所以会选择针对革兰氏阴性杆菌有效的药物。如果治疗72小时显效，无需换药，否则应该按照药敏结果更换抗生素。病情轻的可以口服，疗程在10-14天，药物选择可以选喹诺酮类、头孢菌素类药物。
严重的感染，全身中毒症状比较明显的病人，建议住院治疗，给予静脉输液，总的疗程是两周。治疗72小时无好转，建议根据药敏结果更换抗生素，疗程大于两周。如果经过治疗仍然有发热，应该注意有没有并发症的问题，如肾脏肾盂脓肿或者感染中毒症等。慢性肾盂肾炎的治疗，通常是复杂性尿路感染，治疗关键是积极的寻找并且祛除易感因素，如尿路梗阻、畸形等。慢性肾盂肾炎如果急性发作的时候，治疗原则和急性肾盂肾炎一样。
严重的感染，全身中毒症状比较明显的病人，建议住院治疗，给予静脉输液，总的疗程是两周。治疗72小时无好转，建议根据药敏结果更换抗生素，疗程大于两周。如果经过治疗仍然有发热，应该注意有没有并发症的问题，如肾脏肾盂脓肿或者感染中毒症等。慢性肾盂肾炎的治疗，通常是复杂性尿路感染，治疗关键是积极的寻找并且祛除易感因素，如尿路梗阻、畸形等。慢性肾盂肾炎如果急性发作的时候，治疗原则和急性肾盂肾炎一样。