亚急性甲状腺炎为自限性疾病，治疗上以减轻炎症反应及缓解疼痛为目的，甲状腺毒症明显时可应用β受体阻滞剂。该疾病预后较好，一般情况下不遗留后遗症及并发症。极少数病人可能会导致永久性甲状腺功能减退，需要长期应用左甲状腺素替代治疗。
一、药物治疗
1、乙酰水杨酸、非甾体消炎药：此类药物为解热镇痛消炎药，可以退热、止痛、减轻甲状腺炎症，缓解症状。
2、糖皮质激素：非甾体消炎药治疗无效者，可应用糖皮质激素，可迅速缓解疼痛，减轻甲状腺毒症症状。初始剂量较大，根据症状、体征及血沉的变化缓慢减少剂量，总疗程6~8周以上。过快减量、过早停药可使病情反复，应注意避免。停药或减量过程中出现反复者，仍可使用糖皮质激素，同样可获得较好效果。糖皮质激素副作用较大，在应用非甾体消炎药有效时应避免使用。
3、β受体阻滞剂：甲状腺毒症症状，心悸症状明显者，可以使用β受体阻滞剂，减轻甲状腺毒症症状，减慢心率。
4、左甲状腺素：甲状腺功能减退通常不需要治疗，因为即使出现症状通常也较轻微且持续时间短。如果患者的甲状腺功能减退较明显或引起甲状腺功能减退症状，应给予50μg或100μg左甲状腺素治疗6~8周，目标是将TSH控制在正常范围内，随后应该停用左甲状腺素，并在停药4~6周时重新评估患者的甲状腺功能，以确定不是永久性甲状腺功能减退。如果是永久性甲状腺功能减退，需要终身应用左甲状腺素治疗。
二、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。
一、药物治疗
1、乙酰水杨酸、非甾体消炎药：此类药物为解热镇痛消炎药，可以退热、止痛、减轻甲状腺炎症，缓解症状。
2、糖皮质激素：非甾体消炎药治疗无效者，可应用糖皮质激素，可迅速缓解疼痛，减轻甲状腺毒症症状。初始剂量较大，根据症状、体征及血沉的变化缓慢减少剂量，总疗程6~8周以上。过快减量、过早停药可使病情反复，应注意避免。停药或减量过程中出现反复者，仍可使用糖皮质激素，同样可获得较好效果。糖皮质激素副作用较大，在应用非甾体消炎药有效时应避免使用。
3、β受体阻滞剂：甲状腺毒症症状，心悸症状明显者，可以使用β受体阻滞剂，减轻甲状腺毒症症状，减慢心率。
4、左甲状腺素：甲状腺功能减退通常不需要治疗，因为即使出现症状通常也较轻微且持续时间短。如果患者的甲状腺功能减退较明显或引起甲状腺功能减退症状，应给予50μg或100μg左甲状腺素治疗6~8周，目标是将TSH控制在正常范围内，随后应该停用左甲状腺素，并在停药4~6周时重新评估患者的甲状腺功能，以确定不是永久性甲状腺功能减退。如果是永久性甲状腺功能减退，需要终身应用左甲状腺素治疗。
二、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。