不明原因肺部感染在必要的时候可以做一些有创的操作，明确感染的致病菌。肺部感染常见的致病菌为病毒、细菌、支原体、衣原体、真菌、寄生虫等等，可以进行痰培养、血培养、细菌和真菌的检查，以及病毒检测、支原体和衣原体抗体的检测等明确致病菌。
如果致病菌尚未能明确，可以先经验性的选择抗生素抗感染治疗，如果抗感染治疗的效果较差，微生物的检测结果为阴性。治疗上会存在一定的难度，这时可以选择支气管镜肺泡灌洗进行细菌真菌的培养，以及经皮肺穿刺、细菌学微生物的检查、病理的检查，可以排除非感染性的疾病，进一步的帮助明确致病菌。上述的检查都是有创的，可能会有一定的并发症，需要根据病情权衡利弊进行操作。
如果致病菌尚未能明确，可以先经验性的选择抗生素抗感染治疗，如果抗感染治疗的效果较差，微生物的检测结果为阴性。治疗上会存在一定的难度，这时可以选择支气管镜肺泡灌洗进行细菌真菌的培养，以及经皮肺穿刺、细菌学微生物的检查、病理的检查，可以排除非感染性的疾病，进一步的帮助明确致病菌。上述的检查都是有创的，可能会有一定的并发症，需要根据病情权衡利弊进行操作。