尖锐湿疣的确诊，一般医生经常会通过仔细地观察患者生殖器和肛门区域，来辨认尖锐湿疣，如果存在肉眼可见的尖锐湿疣，通常不需要更多的检测就能判定诊断。对于一些微小的尖锐湿疣，目前可以借助于皮肤镜检查来帮助诊断。
当尖锐湿疣的皮损不典型，例如出现色素沉着、硬化，生长迅速、出血或溃疡时，或者是医生认为必要时，可以通过活检后的组织病理检查来帮助诊断。活检属于一种小手术，由医生选择典型的皮损，局部麻醉用手术刀切除一小块的病变组织，然后制成病理切片，如果有典型的病理改变可以确诊，国际上不推荐使用人乳头瘤病毒的分子生物学检测来诊断尖锐湿疣。
当尖锐湿疣的皮损不典型，例如出现色素沉着、硬化，生长迅速、出血或溃疡时，或者是医生认为必要时，可以通过活检后的组织病理检查来帮助诊断。活检属于一种小手术，由医生选择典型的皮损，局部麻醉用手术刀切除一小块的病变组织，然后制成病理切片，如果有典型的病理改变可以确诊，国际上不推荐使用人乳头瘤病毒的分子生物学检测来诊断尖锐湿疣。