1、根据病情缓急程度分类：
（1）急性肠炎：又称为急性胃肠炎，是胃肠黏膜的急性炎症，临床表现主要为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、发热等。本病常见于夏秋季，其发生多由于饮食不当，暴饮暴食或食入生冷腐馊、秽浊不洁的食品所致。
（2）慢性肠炎：是指肠道的慢性炎症性疾病，其病因可为细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，亦可为过敏、变态反应等原因所致。
2、根据病原菌分类：
（1）细菌性肠炎：细菌性肠炎是指由致病菌所致的肠道感染性疾病，常见的致病菌有痢疾杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌，多由不洁饮食引起。患者常表现为腹痛、腹泻、发热，部分患者可以解黏液样便或脓血便。
（2）病毒性肠炎：又称病毒性腹泻，是一组由多种病毒引起的急性肠道传染病。临床特点为起病急、恶心、呕吐、腹痛、腹泻，排水样便或稀便，也可有发热及全身不适等症状，病程短，病死率低。