去除肾结石的方法包括排石、体外冲击波碎石、输尿管镜碎石、经皮肾镜取石，以及腹腔镜开放手术取石等方法。排石治疗是针对较小的结石，如肾结石直径<6mm，未导致尿路梗阻或者感染，疼痛症状可得到有效控制。直径<4mm的结石自然排除率为80%，再辅助以排石药物可以进一步提高排石率，直径>7mm的结石自然排石率很低。
体外冲击波碎石主要用于大于7mm的肾结石，较大的0.7-2cm大小的各种成分结石，并且不合并肾积水感染者。体外冲击波碎石是一线治疗，方法是通过液电的方法将结石粉碎，促进结石排出。经皮肾镜和输尿管软镜都属于手术治疗，一般处理2cm以上的结石或者1.5cm以上的肾下盏结石，或者体外冲击波碎石失败的肾结石，方法是通过手术方法建立工作通道到达肾脏内，利用激光、气压弹道等手段粉碎结石，大块结石直接取出，小块自然排出。
体外冲击波碎石主要用于大于7mm的肾结石，较大的0.7-2cm大小的各种成分结石，并且不合并肾积水感染者。体外冲击波碎石是一线治疗，方法是通过液电的方法将结石粉碎，促进结石排出。经皮肾镜和输尿管软镜都属于手术治疗，一般处理2cm以上的结石或者1.5cm以上的肾下盏结石，或者体外冲击波碎石失败的肾结石，方法是通过手术方法建立工作通道到达肾脏内，利用激光、气压弹道等手段粉碎结石，大块结石直接取出，小块自然排出。