舌咽神经痛的治疗，往往尽早行手术处理是主要治疗方法，疼痛难忍时可以采取药物进行保守治疗，暂时缓解疼痛，采取药物治疗联合手术往往可以取得良好效果，常用药物有卡马西平、苯妥英钠、普鲁卡因，本病治疗周期约为1~2周。
一、药物治疗
1、卡马西平：药物治疗在发病初期常能取得比较满意的临床疗效，但是随着疼痛的加剧，药物常在数月或数年后逐渐失去效果。大约1/3的患者会出现嗜睡、眩晕、消化道不适等副作用。
2、苯妥英钠：有效缓解疼痛。本品在脑组织中达到有效浓度较慢，因此疗效出现缓慢，需要连续多次服药才能有效。较常见的不良反应有行为改变、笨拙或步态不稳，思维混乱，发音不清，手抖、神经质或烦躁易怒，这些反应往往是可逆的，一旦停药很快就消失。
3、普鲁卡因：疼痛难以忍受时可以进行局“封闭疗法“。除用药过量引起中枢神经系统及心血管系统反应外，偶见过敏反应，用药前应作皮肤过敏试验。
4、巴氯芬：本品为解痉药，它能抑制单突触和多突触的脊髓传递，其机制在于激动GABA受体而使兴奋性氨基酸谷氨酸及门冬氨酸的释放受到抑制，因而可减轻脊髓病变、多发性硬化、脊髓损伤所致的肢体肌张力增高，用于脊髓及大脑疾病或损伤引起的肌肉痉挛，不良反应为倦睡、低血压、失眠、肝功能异常等。
5、加巴喷丁：该药为人工合成的氨基酸，主要用于疱疹神经痛、疱疹后神经痛、癫痛，用于成年人和12岁以上儿童伴或不伴继发性全身发作的部分性发作的辅助治疗，也可用于3~12岁儿童的部分性发作的辅助治疗，不良反应为感染后神经痛，主要是眩晕、嗜睡、以及周围性水肿。
二、手术治疗
1、显微血管减压术：是目前最安全、有效的外科治疗方法，其治愈率可达到99%。手术治疗适用于药物或经皮穿刺治疗失败者，患者一般状况较好，无严重器质性病变，能耐受手术者，排除多发性硬化或桥小脑角肿瘤等病变者。多数患者手术后疼痛即可消失。
2、延髓束切断术：20世纪60年代初，有人应用延髓束切断术来治疗舌咽神经痛，当时疗效满意。因为这些神经纤维下降的水平不确定，如在近四脑室下段切断，可产生共济失调步态，靠下则可能得不到需要的麻木范围，故未被普遍采用。
3、舌咽神经根切断术：局麻或全麻下耳后切口，乙状窦下缘入路开颅，打开硬脑膜，放出脑脊液减压，抬起小脑，暴露出颈静脉孔，辨认汇集在该孔的舌咽、迷走及副神经。舌咽神经位于最前方，单根较粗，与迷走神经之间有明显的狭窄间隙。迷走神经由数根细小纤维束所组成。局麻时分离迷走神经时可引起呕吐，用神经钩将舌咽神经钩起，这时将引起剧烈疼痛，如疼痛部位与临床相符，可用钩刀或微型剪刀将神经切断。
三、其他治疗
1、舌咽神经阻滞术：主要用于阻滞舌咽神经的传导通路，来达到缓解疼痛的目的。但是效果往往只能维持3~6个月，无效时往往需要加强治疗。
2、封团疗法：维生素B12和氟美松等周围神经封闭偶有良效，有人用95%乙醇或5%酚甘油于颈静脉孔处行舌咽神经封闭。但舌咽神经与颈内动脉、静脉、迷走神经、副神经等相邻，封闭时易损伤周围神经血管，故应慎用。
3、射频温控热凝术：在X线引导下进行颈静脉孔的穿刺，进行舌咽神经的射频热凝治疗，热凝的温度为65~70℃，时间1分钟，如果损伤到迷走神经，术后可有吞咽困难、声音嘶哑、干咳的并发症。
4、微血管减压术：根据血管压迫学说设计的手术方法，目的是解除血管对神经根的压迫，术中对压边神经的责任血管进行减压，隔离，能否充分解除压迫，直接影响术后的效果。
一、药物治疗
1、卡马西平：药物治疗在发病初期常能取得比较满意的临床疗效，但是随着疼痛的加剧，药物常在数月或数年后逐渐失去效果。大约1/3的患者会出现嗜睡、眩晕、消化道不适等副作用。
2、苯妥英钠：有效缓解疼痛。本品在脑组织中达到有效浓度较慢，因此疗效出现缓慢，需要连续多次服药才能有效。较常见的不良反应有行为改变、笨拙或步态不稳，思维混乱，发音不清，手抖、神经质或烦躁易怒，这些反应往往是可逆的，一旦停药很快就消失。
3、普鲁卡因：疼痛难以忍受时可以进行局“封闭疗法“。除用药过量引起中枢神经系统及心血管系统反应外，偶见过敏反应，用药前应作皮肤过敏试验。
4、巴氯芬：本品为解痉药，它能抑制单突触和多突触的脊髓传递，其机制在于激动GABA受体而使兴奋性氨基酸谷氨酸及门冬氨酸的释放受到抑制，因而可减轻脊髓病变、多发性硬化、脊髓损伤所致的肢体肌张力增高，用于脊髓及大脑疾病或损伤引起的肌肉痉挛，不良反应为倦睡、低血压、失眠、肝功能异常等。
5、加巴喷丁：该药为人工合成的氨基酸，主要用于疱疹神经痛、疱疹后神经痛、癫痛，用于成年人和12岁以上儿童伴或不伴继发性全身发作的部分性发作的辅助治疗，也可用于3~12岁儿童的部分性发作的辅助治疗，不良反应为感染后神经痛，主要是眩晕、嗜睡、以及周围性水肿。
二、手术治疗
1、显微血管减压术：是目前最安全、有效的外科治疗方法，其治愈率可达到99%。手术治疗适用于药物或经皮穿刺治疗失败者，患者一般状况较好，无严重器质性病变，能耐受手术者，排除多发性硬化或桥小脑角肿瘤等病变者。多数患者手术后疼痛即可消失。
2、延髓束切断术：20世纪60年代初，有人应用延髓束切断术来治疗舌咽神经痛，当时疗效满意。因为这些神经纤维下降的水平不确定，如在近四脑室下段切断，可产生共济失调步态，靠下则可能得不到需要的麻木范围，故未被普遍采用。
3、舌咽神经根切断术：局麻或全麻下耳后切口，乙状窦下缘入路开颅，打开硬脑膜，放出脑脊液减压，抬起小脑，暴露出颈静脉孔，辨认汇集在该孔的舌咽、迷走及副神经。舌咽神经位于最前方，单根较粗，与迷走神经之间有明显的狭窄间隙。迷走神经由数根细小纤维束所组成。局麻时分离迷走神经时可引起呕吐，用神经钩将舌咽神经钩起，这时将引起剧烈疼痛，如疼痛部位与临床相符，可用钩刀或微型剪刀将神经切断。
三、其他治疗
1、舌咽神经阻滞术：主要用于阻滞舌咽神经的传导通路，来达到缓解疼痛的目的。但是效果往往只能维持3~6个月，无效时往往需要加强治疗。
2、封团疗法：维生素B12和氟美松等周围神经封闭偶有良效，有人用95%乙醇或5%酚甘油于颈静脉孔处行舌咽神经封闭。但舌咽神经与颈内动脉、静脉、迷走神经、副神经等相邻，封闭时易损伤周围神经血管，故应慎用。
3、射频温控热凝术：在X线引导下进行颈静脉孔的穿刺，进行舌咽神经的射频热凝治疗，热凝的温度为65~70℃，时间1分钟，如果损伤到迷走神经，术后可有吞咽困难、声音嘶哑、干咳的并发症。
4、微血管减压术：根据血管压迫学说设计的手术方法，目的是解除血管对神经根的压迫，术中对压边神经的责任血管进行减压，隔离，能否充分解除压迫，直接影响术后的效果。