新生儿黄疸分为生理性黄疸和病理性黄疸，两个不同类黄疸的病因是不同的。生理性黄疸是和新生儿特殊胆红素代谢特点有关，包括胆红素生成是相对增多的，而肝细胞对胆红素的摄取能力不足，血浆白蛋白联合胆红素的能力也不足，胆红素排泄的能力还没发育完善，有一定的缺陷。然后肠肝循环的增加，可以导致60%的足月新生儿和80%的早产儿，在生后一周以内可以出现肉眼可见的黄疸。
病理性黄疸形成的原因主要包括以下三大类：第一、胆红素生成过多；第二、胆红素代谢的障碍；第三、胆汁排泄的障碍。在病理性黄疸中，胆红素生产过多主要是红细胞的破坏增多、肠肝循环的增加，使得血清的未结合胆红素升高，多见的原因有红细胞增多症、溶血、感染等。肝脏胆红素代谢的障碍导致的病理性黄疸，主要是由肝细胞摄取和结合胆红素的功能低下，然后导致血清未结合胆红素升高，常见的原因是有缺氧、感染、酶的缺乏、药物、甲状腺 功能减低等。胆汁排泄障碍主要是由于肝细胞排泄结合胆红素的障碍，或者是胆管的梗阻，可以导致结核性的胆红素升高，同时可以伴有肝功能的损害，也可以出现肺结核性胆红色素升高，常见的疾病有新生儿肝炎、先天性代谢缺陷、胆管梗阻就是胆管阻塞等。
病理性黄疸形成的原因主要包括以下三大类：第一、胆红素生成过多；第二、胆红素代谢的障碍；第三、胆汁排泄的障碍。在病理性黄疸中，胆红素生产过多主要是红细胞的破坏增多、肠肝循环的增加，使得血清的未结合胆红素升高，多见的原因有红细胞增多症、溶血、感染等。肝脏胆红素代谢的障碍导致的病理性黄疸，主要是由肝细胞摄取和结合胆红素的功能低下，然后导致血清未结合胆红素升高，常见的原因是有缺氧、感染、酶的缺乏、药物、甲状腺 功能减低等。胆汁排泄障碍主要是由于肝细胞排泄结合胆红素的障碍，或者是胆管的梗阻，可以导致结核性的胆红素升高，同时可以伴有肝功能的损害，也可以出现肺结核性胆红色素升高，常见的疾病有新生儿肝炎、先天性代谢缺陷、胆管梗阻就是胆管阻塞等。