以组织学分类，肛门周围癌可分为三类，混合型者按优势细胞分类，后两者少见：
1、上皮性肿瘤：可分为鳞癌和腺癌，鳞癌最多见，占80%以上。常表现为肛周肿物且瘙痒不适，随病情进一步发展可出现疼痛，便血。
（1）肛管鳞癌：大多为典型的分化差的非角化型细胞，半数病例的癌灶边缘隆起，溃疡状，约1/3的病例癌灶为斑块状或结节状，少数呈菜花状，大小不等。
（2）—穴肛原癌(泄殖腔原癌)：好发于肛管齿线及其上、下。分化良好的基底样细胞癌，由成群的嗜碱性的小细胞组成，周边有明显的楯栏样分布的细胞核，中心有时可见到乳酪样坏死，在分化较差的肿瘤中，这种典型的细胞表现逐渐消失，变成―薄层深染的、具有多形核的小细胞。
（3）原发性肛管腺癌：多数为分化良好的黏液腺癌，具有黏液分泌的腺管，黏液因潴留在管腔内而使其有不规则的扩张，肿瘤细胞轻、中度异型性。瘘管开口处可见鳞状上皮，移行上皮和黏液柱状上皮的移行，皮肤鳞状上皮常见增生或假上皮瘤样增生。
（4）基底细胞癌：侵蚀性溃疡，无明显退行性病变，有不同程度角化、中心有钙化。本病生长缓慢，侵袭性低，很少发生转移。
（5）肛周鳞癌：典型大体表现是中央溃疡，边缘内翻。
2、非上皮性肿瘤：原始神经外胚层肿瘤、肛周多发性骨髓瘤等，发病率低，目前无大宗病例报导。多以肛周肿块或肛周脓肿为其首发表现，常与肛周良性病混淆，易发生误诊和延迟治疗。
3、恶性黑色素瘤：肛门部有暗红色肿块脱出，类似血栓痔嵌顿。早期较小，可自行回纳，后渐增大，约核桃大小，便后往往须以手助其还纳。占14%～53%。