婴幼儿时期感染乙肝病毒可能进入免疫耐受期,血清表面抗原、E抗原阳性,基因水平较高,转氨酶正常,肝组织学无明显异常或轻度炎症坏死。青春期前后患者可以进入免疫清除期,转氨酶持续或间歇升高,血液乙肝病毒基因载量有所下降,肝组织中度或严重坏死,肝纤维化可快速进展,部分可发展为肝硬化和肝衰竭。经过免疫清除期,一部分患者进入了低复制期,血清E抗原阴性,E抗体阳性,乙肝病毒基因水平低或检测不到,转氨酶正常。肝组织无炎症或仅有轻度炎症,是相对稳定的阶段。由于免疫状态的改变,一部分非活动期患者可发生乙肝再活动出现一次或数次肝炎发作,表现为E抗原阴性。