肾积水的直接原因是尿路梗阻引起来的，而梗阻可分为上尿路梗阻和下尿路梗阻。上尿路梗阻直接导致肾积水的发生，而下尿路梗阻则由于膀胱的缓冲作用，对肾积水的形成影响较缓慢，最终可以导致肾积水。引起泌尿系梗阻的原因很多，可以分为机械性梗阻和动力性梗阻。机械性梗阻是指尿路管腔被病变阻塞，如结石、肿瘤，而动力性梗阻是指神经系统的问题造成某些尿路的功能障碍，影响尿液的排出。在不同的年龄和性别当中尿路梗阻的病因也有一定差异，儿童与先天性的疾病常见，如肾盂、输尿管连接处狭窄，青壮年以结石、损伤、炎性狭窄常见，妇女可能与盆腔内疾病有关，老年人良性前列腺增生最为常见，其次为肿瘤。
上尿路梗阻的最常见原因是肾和输尿管的病变，常见的有肾盂、输尿管连接处狭窄，还有异位血管、输尿管口囊肿、输尿管异位开口，以及输尿管结核、肿瘤、结石等。下尿路梗阻例如前列腺增生或者神经源性膀胱，可以引起膀胱排尿功能障碍，最终导致尿潴留，反流引起肾积水。尿道的梗阻也有类似临床表现，由于排尿不畅导致上尿路积水。
上尿路梗阻的最常见原因是肾和输尿管的病变，常见的有肾盂、输尿管连接处狭窄，还有异位血管、输尿管口囊肿、输尿管异位开口，以及输尿管结核、肿瘤、结石等。下尿路梗阻例如前列腺增生或者神经源性膀胱，可以引起膀胱排尿功能障碍，最终导致尿潴留，反流引起肾积水。尿道的梗阻也有类似临床表现，由于排尿不畅导致上尿路积水。