系统性硬化症的症状在早期通常是出现关节肌肉的病变。另外,也有95%以上的患者会出现雷诺现象,随着病情的逐渐进展,会出现典型的皮肤病变,通常会从手指及面部出现,经过3个时期:水肿期、皮肤硬化期,最终到达皮肤萎缩期。另外,系统性硬化症不仅会出现皮肤的萎缩硬化,主要也会导致各种重要脏器受累,比如心脏、肺脏、肾脏和消化道等多器官受累,而出现症状。消化系统受累会导致消化功能减弱,另外也会出现食管下段的功能失调,引起吞咽困难。部分患者会导致肺间质病变甚至肺间质纤维化。也可能会出现肺动脉高压,甚至合并肺癌。肾脏也是经常受累的,可以出现肾功能衰竭。