会厌囊肿一般如果小可以不治疗，如果大要考虑手术切除。会厌囊肿小，可以没有任何不舒服的症状，没有任何不良影响，可以观察，而不需要手术。如果会厌囊肿大会导致咽喉的异物感，吞咽有阻挡感，甚至有呛咳。如果症状持续加重，会厌囊肿越来越大，就要考虑手术治疗。手术切除会厌囊肿一般可以治愈，手术一般是在支撑喉镜下的喉纤维手术，一般使用二氧化碳激光进行囊肿的切除。切除之后一般就可以达到治愈，手术也不是大手术，是相对比较安全的小手术，治疗效果还较不错，所以也不用太担心。
另外会厌囊肿有可能和舌根部淋巴组织，以及会厌舌面的淋巴组织相混淆，所以可以观察。如果囊肿也有可能是淋巴组织增生，不会有持续增大的表现，所以就不需要手术治疗。如果有持续增大，并且有明显的囊肿样表现，类似于圆球形且有囊液的表现，这个情况可以考虑手术治疗。会厌囊肿如果比较小且没有任何不适症状，可以不做手术治疗 。另外有很多的咽喉异物感是因为胃酸反流刺激导致，而不是会厌囊肿导致，这个情况要加以鉴别，不能因此误做了会厌囊肿切除手术。
另外会厌囊肿有可能和舌根部淋巴组织，以及会厌舌面的淋巴组织相混淆，所以可以观察。如果囊肿也有可能是淋巴组织增生，不会有持续增大的表现，所以就不需要手术治疗。如果有持续增大，并且有明显的囊肿样表现，类似于圆球形且有囊液的表现，这个情况可以考虑手术治疗。会厌囊肿如果比较小且没有任何不适症状，可以不做手术治疗 。另外有很多的咽喉异物感是因为胃酸反流刺激导致，而不是会厌囊肿导致，这个情况要加以鉴别，不能因此误做了会厌囊肿切除手术。