小袋纤毛虫病的典型症状为腹泻、腹痛及里急后重，严重者可出现脱水，甚至肠穿孔，少数可表现为腹泻与便秘交替。临床上大部分患者无任何症状。因主要累及肠道，常见的并发症有肠穿孔、腹膜炎、阑尾炎等。
1、急性型：
（1）起病急，病程较短，有明显的腹泻，每天数次，严重者可达数十次之多。大便常有黏液或脓血，但多无腥臭味。腹痛较为常见，并伴有里急后重，脐周或者下腹有压痛。
（2）患者还可出现不规则的发热、恶心、呕吐、乏力及食欲减退。严重患者可导致机体脱水、营养不良及消瘦，甚至导致肠穿孔等严重并发症。
2、慢性型：
（1）起病较为隐匿，临床上常以反复发作的腹泻为主要表现，有的患者病程可长达数月至数年，呈现周期性的发作。常因劳累、受凉、饮酒或饮食不当(如进食脂肪性食物、其他较为油腻的食物)而诱发。
（2）大便每天数次，多为糊状或者水样，有黏液，但少见脓血。
（3）大部分患者伴有腹胀，阵发性下腹痛，肠鸣音活跃等。少数患者表现为腹泻与便秘交替出现；病程长者可有消瘦、贫血、体重下降、失眠等。
1、急性型：
（1）起病急，病程较短，有明显的腹泻，每天数次，严重者可达数十次之多。大便常有黏液或脓血，但多无腥臭味。腹痛较为常见，并伴有里急后重，脐周或者下腹有压痛。
（2）患者还可出现不规则的发热、恶心、呕吐、乏力及食欲减退。严重患者可导致机体脱水、营养不良及消瘦，甚至导致肠穿孔等严重并发症。
2、慢性型：
（1）起病较为隐匿，临床上常以反复发作的腹泻为主要表现，有的患者病程可长达数月至数年，呈现周期性的发作。常因劳累、受凉、饮酒或饮食不当(如进食脂肪性食物、其他较为油腻的食物)而诱发。
（2）大便每天数次，多为糊状或者水样，有黏液，但少见脓血。
（3）大部分患者伴有腹胀，阵发性下腹痛，肠鸣音活跃等。少数患者表现为腹泻与便秘交替出现；病程长者可有消瘦、贫血、体重下降、失眠等。