1、问诊：初诊时，医师会询问患者，周围人群有无患疱疹性咽峡炎或手足口病，发病前与疱疹性咽峡炎或手足口病患者，有没有直接或间接接触史，生活或工作环境是否有有毒物质接触史。
2、病史采集：起病经过，有无发热、乏力，咽痛、吞咽痛程度，大小便是否正常，是否伴有咳嗽、耳痛、鼻塞流涕等症状，还有无全身不舒服的情况。有无药物口服治疗史，效果怎么样。
3、检查口咽：医生需要用压舌板压住患者舌体前中段，避免遮挡口咽部视野，典型特征表现为：咽腭弓、软腭、悬雍垂及扁桃体上有灰白色疱疹或溃疡。
4、纤维电子鼻咽镜、喉镜检查：了解鼻咽部、喉咽部邻近的病情。
5、实验室检查：血常规、C反应蛋白、尿检查、粪便检查。
6、病毒血清学检测：肠道病毒特异性核酸检查阳性。
7、咽拭子分泌物细菌培养：咽拭子培养是以咽拭子采取咽部及扁桃体分泌物作细菌培养。采取标本时嘱患者张口发“啊”音，术者用轻快的动作以咽拭子擦拭两侧腭弓及咽、扁桃体上的分泌物。正常上呼吸道有多种正常菌群，若咽拭子分离出致病菌对诊断上呼吸道感染有一定意义。
2、病史采集：起病经过，有无发热、乏力，咽痛、吞咽痛程度，大小便是否正常，是否伴有咳嗽、耳痛、鼻塞流涕等症状，还有无全身不舒服的情况。有无药物口服治疗史，效果怎么样。
3、检查口咽：医生需要用压舌板压住患者舌体前中段，避免遮挡口咽部视野，典型特征表现为：咽腭弓、软腭、悬雍垂及扁桃体上有灰白色疱疹或溃疡。
4、纤维电子鼻咽镜、喉镜检查：了解鼻咽部、喉咽部邻近的病情。
5、实验室检查：血常规、C反应蛋白、尿检查、粪便检查。
6、病毒血清学检测：肠道病毒特异性核酸检查阳性。
7、咽拭子分泌物细菌培养：咽拭子培养是以咽拭子采取咽部及扁桃体分泌物作细菌培养。采取标本时嘱患者张口发“啊”音，术者用轻快的动作以咽拭子擦拭两侧腭弓及咽、扁桃体上的分泌物。正常上呼吸道有多种正常菌群，若咽拭子分离出致病菌对诊断上呼吸道感染有一定意义。