对于百日咳的抗菌治疗，首先选择大环内酯类抗生素，如红霉素、阿奇霉素或克拉霉素等。卡他期进行使用，能减轻，甚至不发生痉挛性咳嗽，进入经咳期使用抗生素，不能缩短百日咳的临床过程，但可以缩短排菌期及预防继发感染，相应药物如下：
一、红霉素：是首选药物，可以静脉滴注或口服。新生儿使用红霉素时，有发生肥厚性幽门狭窄的风险，故新生儿要慎用。
二、阿奇霉素：可用于治疗肺炎、中耳炎、咽炎、扁桃体炎等，不良反应是可能会导致致命性心律失常。
三、克拉霉素：可用于治疗呼吸道感染，常见不良反应是胃肠道不适，如恶心、消化不良、呕吐、腹泻等。
需要注意的是，由于个体差异大，故不存在用药绝对最好、最快、最有效的用药方案。除了常用非处方药外，其余处方药物必须在医生指导下，充分结合个人情况选择最合适的药物。
一、红霉素：是首选药物，可以静脉滴注或口服。新生儿使用红霉素时，有发生肥厚性幽门狭窄的风险，故新生儿要慎用。
二、阿奇霉素：可用于治疗肺炎、中耳炎、咽炎、扁桃体炎等，不良反应是可能会导致致命性心律失常。
三、克拉霉素：可用于治疗呼吸道感染，常见不良反应是胃肠道不适，如恶心、消化不良、呕吐、腹泻等。
需要注意的是，由于个体差异大，故不存在用药绝对最好、最快、最有效的用药方案。除了常用非处方药外，其余处方药物必须在医生指导下，充分结合个人情况选择最合适的药物。