新型隐球菌病的临床表现，轻重不一，变化多样。到目前为止仍不能确定不同部位新型隐球菌病的最短、最长和平均的潜伏期。主要症状有头痛、发热、咳嗽等，有时部分患者会出现皮疹、骨骼关节肿痛等症状，还有可能并发脑膜炎、成人呼吸窘迫综合征、截瘫等疾病。
潜伏期为数周至数年不等。临床表现轻重不一，变化多样。
1、中枢神经系统新型隐球菌病：1、以新型隐球菌脑膜炎最常见。患者起病缓慢，病初症状不明显，常有头痛，可位于前额、双侧颞部、枕后或眼眶后，多为胀痛或钝痛，呈间歇性。伴低热或不发热。以后头痛程度逐渐加重，发作频率和持续时间增加。在数周之内，随着颅内压的进一步增加，患者的头痛剧烈，可伴有恶心、呕吐、烦躁和性格改变等表现，体检可发现步态蹒跚，颈项强直。老年患者可仅表现为痴呆，其他神经系统的表现不明显。
2、如果没有得到有效的治疗，病情恶化，病变累及脑实质，可出现淡漠、意识障碍、抽搐或偏瘫。病灶累及视神经和听神经时，可出现视力模糊、畏光、复视、眼球后疼痛，听力下降或丧失等表现。
3、艾滋病患者继发中枢神经系统新型隐球菌病，发热和抽搐的表现比没有免疫抑制的患者更为常见，病程呈进行性发展。
2、肺新型隐球菌病：大多数肺新型隐球菌病患者，症状轻微，可有低热、全身疲倦和体重减轻等慢性消耗症状，咳嗽、黏液痰和胸痛常见，但略血少见。艾滋病患者继发肺新型隐球菌病的病程常呈进展性，更容易发生血行播散，或者发展为急性呼吸窘迫综合征。
3、皮肤新型隐球菌病：新型隐球菌发生血行播散时，大约有5%患者出现皮肤病变，可表现为痤疮样皮疹，皮疹出现破溃时可形成溃疡或瘘管。
4、骨骼、关节新型隐球菌病：大约占新型隐球菌病的10%，表现为连续数月的骨骼、关节肿胀和疼痛，出现溶骨性病变时，通常以冷脓肿形式出现，并可累及皮肤。
5、隐球菌败血症：隐球菌可侵入血液，引起寒战、发热、谵妄、昏迷等败血症表现。同时随血行播散至全身各器官，常见于肾脏,其他如脑脊膜、肺、肝、脾、肾上腺、胰腺、心、骨髓、前列腺、胃肠、眼等。病情凶险，常在短期内死亡。
潜伏期为数周至数年不等。临床表现轻重不一，变化多样。
1、中枢神经系统新型隐球菌病：1、以新型隐球菌脑膜炎最常见。患者起病缓慢，病初症状不明显，常有头痛，可位于前额、双侧颞部、枕后或眼眶后，多为胀痛或钝痛，呈间歇性。伴低热或不发热。以后头痛程度逐渐加重，发作频率和持续时间增加。在数周之内，随着颅内压的进一步增加，患者的头痛剧烈，可伴有恶心、呕吐、烦躁和性格改变等表现，体检可发现步态蹒跚，颈项强直。老年患者可仅表现为痴呆，其他神经系统的表现不明显。
2、如果没有得到有效的治疗，病情恶化，病变累及脑实质，可出现淡漠、意识障碍、抽搐或偏瘫。病灶累及视神经和听神经时，可出现视力模糊、畏光、复视、眼球后疼痛，听力下降或丧失等表现。
3、艾滋病患者继发中枢神经系统新型隐球菌病，发热和抽搐的表现比没有免疫抑制的患者更为常见，病程呈进行性发展。
2、肺新型隐球菌病：大多数肺新型隐球菌病患者，症状轻微，可有低热、全身疲倦和体重减轻等慢性消耗症状，咳嗽、黏液痰和胸痛常见，但略血少见。艾滋病患者继发肺新型隐球菌病的病程常呈进展性，更容易发生血行播散，或者发展为急性呼吸窘迫综合征。
3、皮肤新型隐球菌病：新型隐球菌发生血行播散时，大约有5%患者出现皮肤病变，可表现为痤疮样皮疹，皮疹出现破溃时可形成溃疡或瘘管。
4、骨骼、关节新型隐球菌病：大约占新型隐球菌病的10%，表现为连续数月的骨骼、关节肿胀和疼痛，出现溶骨性病变时，通常以冷脓肿形式出现，并可累及皮肤。
5、隐球菌败血症：隐球菌可侵入血液，引起寒战、发热、谵妄、昏迷等败血症表现。同时随血行播散至全身各器官，常见于肾脏,其他如脑脊膜、肺、肝、脾、肾上腺、胰腺、心、骨髓、前列腺、胃肠、眼等。病情凶险，常在短期内死亡。