治疗幽门螺杆菌的药物副作用主要有以下两点：
第一、由于药物的直接刺激作用，而导致胃肠道黏膜损伤的情况。因为治疗幽门螺杆菌的药物多数都是抗生素，比如奥硝唑、甲硝唑等类的药物，容易直接对胃肠道黏膜损伤，容易导致肠胃黏膜紊乱的特点。
第二、常用的抗生素反复治疗不见缓解，有些可能还得再次给予抗幽门螺杆菌治疗，所以反复治疗有可能导致菌群的失调，而这种情况也是由于治疗抗生素用药时间比较长而导致的。
所以对于幽门螺杆菌感染，如果DPM小于700以下，一般不采用抗幽门螺杆菌治疗，继续临床观察。如果有幽门螺杆菌，而且DPM大于700，同时伴有胃溃疡、胃糜烂的情况，可以给予抗幽门螺杆菌治疗。只要治疗之后胃的黏膜损伤达到缓解状态，也可以继续观察，不再继续给予抗幽门螺杆菌治疗，以防止治疗幽门螺杆菌反复不见缓解，而导致菌群失调耐药的情况发生。
第一、由于药物的直接刺激作用，而导致胃肠道黏膜损伤的情况。因为治疗幽门螺杆菌的药物多数都是抗生素，比如奥硝唑、甲硝唑等类的药物，容易直接对胃肠道黏膜损伤，容易导致肠胃黏膜紊乱的特点。
第二、常用的抗生素反复治疗不见缓解，有些可能还得再次给予抗幽门螺杆菌治疗，所以反复治疗有可能导致菌群的失调，而这种情况也是由于治疗抗生素用药时间比较长而导致的。
所以对于幽门螺杆菌感染，如果DPM小于700以下，一般不采用抗幽门螺杆菌治疗，继续临床观察。如果有幽门螺杆菌，而且DPM大于700，同时伴有胃溃疡、胃糜烂的情况，可以给予抗幽门螺杆菌治疗。只要治疗之后胃的黏膜损伤达到缓解状态，也可以继续观察，不再继续给予抗幽门螺杆菌治疗，以防止治疗幽门螺杆菌反复不见缓解，而导致菌群失调耐药的情况发生。