对于胃肠道息肉的处理原则是，虽然是小的增生性息肉或是炎性息肉，因为无癌变的潜能可以不做处理，但临床上需要病理学检查，才能明确息肉的性质。为便于活检，一旦发现息肉，就可行内镜下的钳除，可摘除送检。如果是多发的息肉，先取一个或数个进行病理组织检查。对于较大的息肉，即使可能为良性、非癌变潜能，以及组织学证实为腺瘤性息肉，为了避免引起息肉出血、梗阻或者癌变，也强调一旦发现就行内镜下的摘除。
胃底息肉如果近贲门部位，较大的息肉可能会影响进食，出现堵塞的感觉、噎膈的感觉，所以建议内镜下摘除。至于内镜下息肉切除术，较小的息肉直接行内镜下热火检钳钳除，但这种方法常常不能提供比较有效的病例检查标本。较小的息肉都能在内镜下钳除，对于较大的息肉，特别是有蒂的息肉，则常采用高频电凝圈套切除方法。较大的无蒂扁平息肉可行内镜下的黏膜切除术，也叫EMR，先用内镜注射针沿着病灶周围黏膜下注射肾上腺素盐水，使病灶明显隆起，再直接用带刺的圈套器套住隆起病灶后，慢慢收紧圈套通电，用切割电流进行高频电切。
胃底息肉如果近贲门部位，较大的息肉可能会影响进食，出现堵塞的感觉、噎膈的感觉，所以建议内镜下摘除。至于内镜下息肉切除术，较小的息肉直接行内镜下热火检钳钳除，但这种方法常常不能提供比较有效的病例检查标本。较小的息肉都能在内镜下钳除，对于较大的息肉，特别是有蒂的息肉，则常采用高频电凝圈套切除方法。较大的无蒂扁平息肉可行内镜下的黏膜切除术，也叫EMR，先用内镜注射针沿着病灶周围黏膜下注射肾上腺素盐水，使病灶明显隆起，再直接用带刺的圈套器套住隆起病灶后，慢慢收紧圈套通电，用切割电流进行高频电切。