尖锐湿疣的治疗可以采用物理治疗、局部外用药物治疗和系统治疗，这里的系统治疗是指应用干扰素治疗。常用的外用药物有维A酸乳膏、咪喹莫特，物理治疗通常是指液氮冷冻、电灼、刮除或者二氧化碳激光。对于面部的皮损，如果皮损数量比较少，建议首选的治疗方案是二氧化碳激光治疗，因为不容易留下色素沉着，而且起效快。当然也可以外用药膏治疗，如维A酸乳膏，但是这个治疗的疗程比较长。
对于躯干、四肢的皮损，如果数量比较少，可以液氮冷冻，可以按二氧化碳激光，可以局部外用药物，都可以选择。液氮冷冻与激光相比，比较便宜，但是容易留下色素沉着，所以液氮冷冻一般不用在面部。如果是面部的扁平疣，比较密集、量比较大，建议用二氧化碳激光清除之后，配合光动力治疗。这样治疗的优点是不容易复发，后继也可以应用干扰素注射，进一步的减少复发。对于躯干、四肢，如果皮损的数目比较多、比较密集，可以用 液氮冷冻，配合局部外用药物治疗。如果病情进一步严重，反复发作的可以配合干扰素治疗。
对于躯干、四肢的皮损，如果数量比较少，可以液氮冷冻，可以按二氧化碳激光，可以局部外用药物，都可以选择。液氮冷冻与激光相比，比较便宜，但是容易留下色素沉着，所以液氮冷冻一般不用在面部。如果是面部的扁平疣，比较密集、量比较大，建议用二氧化碳激光清除之后，配合光动力治疗。这样治疗的优点是不容易复发，后继也可以应用干扰素注射，进一步的减少复发。对于躯干、四肢，如果皮损的数目比较多、比较密集，可以用 液氮冷冻，配合局部外用药物治疗。如果病情进一步严重，反复发作的可以配合干扰素治疗。