由于脑真菌性肉芽肿的病因和发病机制已明确，因此主要是针对病因治疗。占位效应明显的肉芽肿，应及时采用手术治疗，切除病变降低颅内压，阻断炎症的进一步发展，并可明确致病菌，为药物治疗打下基础。
一、药物治疗
相比手术治疗，药物治疗同样关键，术前和术后都必须进行及时的抗真菌治疗，剂量应该足量，保证有持续、足够的疗程，残留和复发的脑真菌性肉芽肿需要长期治疗。
1、抗真菌药：1、两性霉素B：是目前的首选药物，可损伤细胞通透性，有效抑制真菌的生长。但需要注意该药物可能会出现不良反应，发热、食欲不振等，应注意观察患者用药情况。
2、伏立康唑：伏立康唑可广泛分布于人体的各种组织和体液中，且可透过血脑屏障。有静脉用药及口服用药两种方式，口服伏立康唑出现毒性反应是肝功损害严重、皮肤过敏反应，静脉用伏立康唑代替口服，却能在较好的治疗效果下没有上述毒性反应。对唑类抗真菌的耐药的患者即便初期治疗有效，结局几乎都是死亡，对此对伏立康唑不能耐受或治疗无效的患者，应选择替代药物伊曲康唑、泊沙康唑或卡泊芬净进行补救治疗。
3、伊曲康唑：伊曲康唑用于侵袭性曲霉菌的补救治疗。伊曲康唑有3种剂型，包括胶囊、口服液和注射液。伊曲康唑抗中枢曲霉菌感染疗程长并往往需要超过常规剂量，因此患者的依从性可能较差。
4、泊沙康唑：泊沙康唑是一种新型广谱抗真菌药，在结构上类似伊曲康唑，但具有更高的亲脂性，在脑内分布良好，目前只有口服混悬剂。与伊曲康唑比较，能更有效预防侵袭性曲霉菌感染，并可降低侵袭性曲霉菌感染相关的死亡率。
5、卡泊芬净：卡泊芬净用于难治性或其它方案不能耐受的侵袭性曲霉菌的补救治疗。卡泊芬净是棘白菌素类抗真菌药的第一个产品，与两性霉素B和唑类抗真菌药比较，毒性较低，耐受性更好。
2、糖皮质激素：对于中枢神经系统感染曲霉菌，使用糖皮质激素有害，应尽量避免应用。联合应用伏立康唑和糖皮质激素对于某些颅内曲霉菌感染患者效，激素的应用似乎能抑制继发感染，虽然机制还不明确。
二、手术治疗
术中尽可能全切除病灶，注意保护病灶周围正常脑组织，防止感染扩散。
1、手术适应症：一般情况下真菌感染一旦形成肉芽肿，单以药物治疗难以消除，必须进行手术切除；对于有明确感染途径或易感因素的患者，或者疑似真菌感染的患者，应当早期活检或者积极尝试手术，并且要求手术尽可能全部切除病灶。
2、手术方式：1、立体定向活检判断病灶的性质和制订手术计划。
2、外科手术切除病灶。
3、腹腔分流术治疗常见后遗症如脑积水。
三、其他治疗
颅内压增高者可用脱水剂，并注意防治脑疝；脑积水者可行侧脑室分流减压术，并注意水电解质平衡。
一、药物治疗
相比手术治疗，药物治疗同样关键，术前和术后都必须进行及时的抗真菌治疗，剂量应该足量，保证有持续、足够的疗程，残留和复发的脑真菌性肉芽肿需要长期治疗。
1、抗真菌药：1、两性霉素B：是目前的首选药物，可损伤细胞通透性，有效抑制真菌的生长。但需要注意该药物可能会出现不良反应，发热、食欲不振等，应注意观察患者用药情况。
2、伏立康唑：伏立康唑可广泛分布于人体的各种组织和体液中，且可透过血脑屏障。有静脉用药及口服用药两种方式，口服伏立康唑出现毒性反应是肝功损害严重、皮肤过敏反应，静脉用伏立康唑代替口服，却能在较好的治疗效果下没有上述毒性反应。对唑类抗真菌的耐药的患者即便初期治疗有效，结局几乎都是死亡，对此对伏立康唑不能耐受或治疗无效的患者，应选择替代药物伊曲康唑、泊沙康唑或卡泊芬净进行补救治疗。
3、伊曲康唑：伊曲康唑用于侵袭性曲霉菌的补救治疗。伊曲康唑有3种剂型，包括胶囊、口服液和注射液。伊曲康唑抗中枢曲霉菌感染疗程长并往往需要超过常规剂量，因此患者的依从性可能较差。
4、泊沙康唑：泊沙康唑是一种新型广谱抗真菌药，在结构上类似伊曲康唑，但具有更高的亲脂性，在脑内分布良好，目前只有口服混悬剂。与伊曲康唑比较，能更有效预防侵袭性曲霉菌感染，并可降低侵袭性曲霉菌感染相关的死亡率。
5、卡泊芬净：卡泊芬净用于难治性或其它方案不能耐受的侵袭性曲霉菌的补救治疗。卡泊芬净是棘白菌素类抗真菌药的第一个产品，与两性霉素B和唑类抗真菌药比较，毒性较低，耐受性更好。
2、糖皮质激素：对于中枢神经系统感染曲霉菌，使用糖皮质激素有害，应尽量避免应用。联合应用伏立康唑和糖皮质激素对于某些颅内曲霉菌感染患者效，激素的应用似乎能抑制继发感染，虽然机制还不明确。
二、手术治疗
术中尽可能全切除病灶，注意保护病灶周围正常脑组织，防止感染扩散。
1、手术适应症：一般情况下真菌感染一旦形成肉芽肿，单以药物治疗难以消除，必须进行手术切除；对于有明确感染途径或易感因素的患者，或者疑似真菌感染的患者，应当早期活检或者积极尝试手术，并且要求手术尽可能全部切除病灶。
2、手术方式：1、立体定向活检判断病灶的性质和制订手术计划。
2、外科手术切除病灶。
3、腹腔分流术治疗常见后遗症如脑积水。
三、其他治疗
颅内压增高者可用脱水剂，并注意防治脑疝；脑积水者可行侧脑室分流减压术，并注意水电解质平衡。