肾结石的临床表现在男性和女性当中无明显差别，不少患者没有任何症状，只是体检时发现，但是无症状并不代表患者的肾功能正常。肾结石的最常见临床表现是疼痛，通常表现为腰部的酸胀和钝痛。如果结石向外移动，造成输尿管急性梗阻，可以造成肾绞痛。肾绞痛表现为突发的肋脊角和腰部刀割样疼痛，常伴有放射痛，女性患者的疼痛可以放射至阴唇。
血尿也是肾结石的临床表现，通常在腰痛发生后，血尿产生的原因是结石移动或患者剧烈的运动，导致结石对肾集合系统的损伤。肾绞痛的时候，可以伴或不伴发热，由于结石、梗阻、感染可互相促进，肾结石造成梗阻，可继发或加重感染，出现腰疼伴高热、寒战。如果是双侧肾结石，功能性或解剖性孤立肾结石阻塞，造成尿路完全梗阻时，可出现无尿和急性肾后性肾功能不全的表现。单侧肾结石造成的慢性梗阻常不引起症状，长期慢性梗阻可能造成患侧肾积水，以及肾实质萎缩。孤立肾或者双侧病变严重时，可发展为尿毒症。
血尿也是肾结石的临床表现，通常在腰痛发生后，血尿产生的原因是结石移动或患者剧烈的运动，导致结石对肾集合系统的损伤。肾绞痛的时候，可以伴或不伴发热，由于结石、梗阻、感染可互相促进，肾结石造成梗阻，可继发或加重感染，出现腰疼伴高热、寒战。如果是双侧肾结石，功能性或解剖性孤立肾结石阻塞，造成尿路完全梗阻时，可出现无尿和急性肾后性肾功能不全的表现。单侧肾结石造成的慢性梗阻常不引起症状，长期慢性梗阻可能造成患侧肾积水，以及肾实质萎缩。孤立肾或者双侧病变严重时，可发展为尿毒症。