针对肺孢子丝菌病的治疗,一般以综合治疗为主,采取碘化钾为首选。成人可以用10%的碘化钾溶液,开始为每天3次或碘化钾的饱和溶液,开始为10滴,每天3次,以后逐天增加5滴,直到每次40滴。病灶消失后继续服用一个月,以免复发。如果对碘过敏或无效的患者,可以选择两性霉素B、酮康唑或氟康唑。但要注意上述药物会对肝肾以及造血系统造成损伤,要定期复查肝肾功能以及血常规(造血系统)和电解质。肺孢子丝菌病局限于肺门淋巴结者,部分可以不治而自行消散。对于肺实质性病变严重或播散型的肺孢子丝菌病的患者,常常持续发展,如果不积极治疗,容易导致死亡。