根据病因和病理表现不同，可分为以下三类：
1、潴留性黏液囊肿：囊壁有导管上皮衬里，腺导管发育异常、阻塞或狭窄使局部导管扩张而形成囊肿，囊内潴留黏液。
2、外渗性黏液囊肿：亦称假性囊肿，囊壁的主要成分是纤维结缔组织或肉芽组织。腺导管破裂、黏液外漏入组织间隙而形成此类囊肿。
3、淋巴上皮囊肿：囊壁内有丰富的淋巴组织，其组织发生来源尚不明确。
根据发病位置不同，可分为以下四类，其中舌下腺囊肿、腮腺囊肿、下颌下腺囊肿又可统称为大涎腺囊肿。
4、黏液囊肿：属于小涎腺黏液囊肿，可分为外渗性囊肿和潴留囊肿，以外渗性囊肿多见，由于小唾液腺导管创伤或腺泡受损引起的囊肿。
5、舌下腺囊肿：由纤维结缔组织和肉芽组织构成的位于舌下腺的囊肿。
6、腮腺囊肿：由于腮腺导管系统的慢性炎症、涎石等在腮腺位置引发的囊肿。
7、下颌下腺囊肿：发生在下颌下腺形成的囊肿。