克罗恩病起病大多比较隐匿、缓慢，从发病的早期症状出现，比如腹部隐痛和间歇性的腹泻到确诊，往往需要数月，甚至数年，病程呈慢性，长短不等的活动期与缓解期交替出现，有终身复发的倾向。早期表现，消化系统主要见于腹痛，是最为常见的症状，大多位于左下腹和脐周，疼痛间歇性发作，常为痉挛性的阵痛，伴有腹鸣，进餐之后加重。
排便和肛门排气之后腹痛可以缓解，腹泻也是克罗恩病早期的常见症状，主要是因为病变肠段炎症的渗出，蠕动增加及继发性吸收不良等导致。腹部的包块，大约在20%左右的克罗恩病患者可以出现，主要是因为肠粘连、肠壁增厚、肠系膜淋巴结肿大导致。部分人还会有瘘管的形成，是克罗恩病的特征性临床表现，以及肛门周围病变，包括肛门周围的瘘管脓肿形成以及肛裂等。对于病情比较严重的患者，还会有发烧以及营养障碍的表现。
排便和肛门排气之后腹痛可以缓解，腹泻也是克罗恩病早期的常见症状，主要是因为病变肠段炎症的渗出，蠕动增加及继发性吸收不良等导致。腹部的包块，大约在20%左右的克罗恩病患者可以出现，主要是因为肠粘连、肠壁增厚、肠系膜淋巴结肿大导致。部分人还会有瘘管的形成，是克罗恩病的特征性临床表现，以及肛门周围病变，包括肛门周围的瘘管脓肿形成以及肛裂等。对于病情比较严重的患者，还会有发烧以及营养障碍的表现。