根据残存肠道的解剖结构，短肠综合征可以分为三大类：
1、Ⅰ型：是病情最严重的一种类型，普遍存在腹泻、脱水、体质量减轻、维生素和微量元素缺乏等典型短肠综合征临床表现。
2、Ⅱ型：主要表现为渐进的营养不良，残留的部分结肠可产生高浓度的胰高血糖素样肽-2和YY肽，能提高肠适应程度，延长胃排空和肠内容物通过时间，增强空、回肠的吸收能力。这些改变可增加小肠的有效吸收面积，增强其吸收营养和水分的作用。但由于此型短肠综合征患者存在部分结肠，会增加对草酸盐的吸收，易出现泌尿系草酸盐结石等并发症。
3、Ⅲ型：由于回盲瓣的存在，通常预后较好，根据术后残余小肠，可以将Ⅲ型分为Ⅲ-A型和Ⅲ-B型。