针对新生儿持续肺动脉高压的治疗，首先需要寻找出高危因素，针对病因治疗。其次需要改善肺通气，纠正酸中毒，改善外周循环，强化心功能，维持正常血压等治疗。
一、药物治疗
1、前列腺素：使细胞内游离钙减少，扩张肺血管。在没有其他药物选择的情况下，可联合呼吸机治疗新生儿持续肺动脉高压。但前列腺素有强大的扩血管作用，有浓度依赖性，需密切监测动脉血压，及时调整用量。
2、硫酸镁：通过作用于前列腺素代谢，能够使血管扩张，但特异性均差，会影响全身血管收缩，需要加强血压、血钙的监测，预防不良反应发生，临床应用少。
3、西地那非：西地那非可以间接扩张肺血管，在无一氧化氮吸入的医院，可首选西地那非联合机械通气等其他治疗方法治疗新生儿持续肺动脉高压，口服直至患儿撤机。
二、手术治疗
本病无手术治疗。
三、其他治疗
1、一氧化氮吸入：能够高选择性扩张肺血管，直接降低肺动脉阻力，改善肺部氧合。可快速缓解低氧血症，改善病情，更降低体外膜肺的风险，缩短了住院时间。但吸入一氧化氮治疗新生儿持续肺动脉高压还有很多局限性。
2、体外膜肺：救治严重呼吸衰竭患儿的终 末手段，所有机械通气不能改善的低氧性呼吸衰竭均可考虑。体外膜肺治疗时是将患儿血液通过外部膜肺使血液体外氧合，为肺功能恢复提供时间。
一、药物治疗
1、前列腺素：使细胞内游离钙减少，扩张肺血管。在没有其他药物选择的情况下，可联合呼吸机治疗新生儿持续肺动脉高压。但前列腺素有强大的扩血管作用，有浓度依赖性，需密切监测动脉血压，及时调整用量。
2、硫酸镁：通过作用于前列腺素代谢，能够使血管扩张，但特异性均差，会影响全身血管收缩，需要加强血压、血钙的监测，预防不良反应发生，临床应用少。
3、西地那非：西地那非可以间接扩张肺血管，在无一氧化氮吸入的医院，可首选西地那非联合机械通气等其他治疗方法治疗新生儿持续肺动脉高压，口服直至患儿撤机。
二、手术治疗
本病无手术治疗。
三、其他治疗
1、一氧化氮吸入：能够高选择性扩张肺血管，直接降低肺动脉阻力，改善肺部氧合。可快速缓解低氧血症，改善病情，更降低体外膜肺的风险，缩短了住院时间。但吸入一氧化氮治疗新生儿持续肺动脉高压还有很多局限性。
2、体外膜肺：救治严重呼吸衰竭患儿的终 末手段，所有机械通气不能改善的低氧性呼吸衰竭均可考虑。体外膜肺治疗时是将患儿血液通过外部膜肺使血液体外氧合，为肺功能恢复提供时间。